Para chegar a Paysandú saindo de Montevidéu, capital do Uruguai, você pode pegar um ônibus no terminal Tres Cruces, que leva cerca de 5 horas.
Também pode ser alcançado de carro pela Rota Nacional 1 a oeste e depois pela Rota Nacional 3 a norte, um percurso que demora cerca de 4 horas.
De outras cidades do país e da região também há serviços de ônibus e trem.
O Aeroporto Internacional Brigadeiro General Cesáreo L. Berisso de Paysandú está localizado a cerca de 15 km do centro da cidade e oferece voos regulares para Buenos Aires e outras cidades da região.
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